หลังจากเหตุการณ์ในซีซั่นแรก แม็กกี้ต้องกลับมาเผชิญหน้ากับความขัดแย้งเมื่อรัฐบาล New Babylon ต้องการยึดครองแมนฮัตตัน ขณะเดียวกัน นีแกนถูกบีบให้ต้องช่วยกลุ่ม Burazi เพื่อต่อสู้กับการรุกรานในโลกที่เต็มไปด้วยอันตรายและความตาย เรื่องราวเข้มข้นขึ้นเมื่อความสัมพันธ์และการเอาตัวรอดถูกทดสอบท่ามกลางสงครามแย่งชิงอำนาจ